Read Aligner API
Referenti
Contesto
I progressi negli algoritmi di allineamento in lettura del DNA hanno portato ad una serie di strumenti di allineamento in lettura che hanno qualità diverse e API distinte. La valutazione dei vari strumenti in una stessa pipeline può essere difficile a causa delle loro interfacce incompatibili. Inoltre, questi strumenti generalmente non forniscono un’interfaccia di programmazione facile da usare per consentire la loro perfetta integrazione in nuovi software o flussi di lavoro.
Descrizione
RAPI definisce un’API C per un allineatore di letture brevi (per la mappatura di letture brevi su una sequenza di riferimento) con interfacce di alto livello scritte in Python e Java. Comprende anche un’implementazione che racchiude i binding BWA-MEM e Python per le API. RAPI può essere utilizzato per integrare nuovi software di allineamento in lettura all’interno di software RAPI-compliant già esistenti. Può anche essere utilizzato per consentire un semplice scripting Python con algoritmi di allineamento in lettura standard o per l’integrazione in ambienti JVM (Java, Scala, ecc.).
Tratti innovativi
- API multi-allineamento standard;
- intefaccia di alto livello e ad alte prestazioni scritta in Python.
Potenziali utenti
Bioinformatici, ricercatori, professionalità dei centri di sequenziamento
Settori d’impatto
Salute – Biomedicina – ICT
