wft4galaxy

wft4galaxy

Uno strumento per testare i flussi di lavoro di Galaxy

Referenti

Contesto

I gestori di workflow per l'analisi scientifica forniscono piattaforme per la programmazione di alto livello che facilita la standardizzazione, l'automazione, la collaborazione e l'accesso a risorse informatiche sofisticate. Il gestore di workflow Galaxy fornisce un ottimo esempio di questo tipo di piattaforma. Essendo composizioni di strumenti più semplici, nei workflow si integrano efficacemente programmi informatici specializzati che implementano procedure di analisi spesso molto complesse.

Descrizione

Con wft4galaxy è offerto uno strumento per testare automaticamente i flussi di lavoro di Galaxy, rendendo fattibile un’integrazione continua in fase di sviluppo e garantendo che i difetti siano individuati tempestivamente. wft4galaxy può essere facilmente installato come un normale programma Python o lanciato direttamente come contenitore Docker, riducendo al minimo lo sforzo di installazione.

Tratti innovativi

  • soluzioni pronte all’uso per integrare i test dei workflow in processi di integrazione continua;
  • immagine del docker autocontenuta, nessuna installazione richiesta.

Potenziali utenti

Comunità utenti Galaxy

Settori d'impatto

ICT

Ulteriori risorse

  1. https://github.com/phnmnl/wft4galaxy
  2. M. E. Piras, L. Pireddu, G. Zanetti; wft4galaxy: a workflow testing tool for galaxy, Bioinformatics, Volume 33, Issue 23, 1 December 2017, Pages 3805–3807, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx461

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