RAPI

Read Aligner API

Referenti

Contesto

I progressi negli algoritmi di allineamento in lettura del DNA hanno portato ad una serie di strumenti di allineamento in lettura che hanno qualità diverse e API distinte. La valutazione dei vari strumenti in una stessa pipeline può essere difficile a causa delle loro interfacce incompatibili. Inoltre, questi strumenti generalmente non forniscono un'interfaccia di programmazione facile da usare per consentire la loro perfetta integrazione in nuovi software o flussi di lavoro.

Descrizione

RAPI definisce un'API C per un allineatore di letture brevi (per la mappatura di letture brevi su una sequenza di riferimento) con interfacce di alto livello scritte in Python e Java. Comprende anche un'implementazione che racchiude i binding BWA-MEM e Python per le API. RAPI può essere utilizzato per integrare nuovi software di allineamento in lettura all’interno di software RAPI-compliant già esistenti. Può anche essere utilizzato per consentire un semplice scripting Python con algoritmi di allineamento in lettura standard o per l'integrazione in ambienti JVM (Java, Scala, ecc.).

Tratti innovativi

  • API multi-allineamento standard;
  • intefaccia di alto livello e ad alte prestazioni scritta in Python.

Potenziali utenti

Bioinformatici, ricercatori, professionalità dei centri di sequenziamento

Settori d'impatto

Salute - Biomedicina - ICT

Ulteriori risorse

  1. https://github.com/crs4/rapi
  2. L.Pireddu, S. Leo, G. Zanetti; SEAL: a distributed short read mapping and duplicate removal tool, Bioinformatics, Volume 27, Issue 15, 1 August 2011, Pages 2159–2160, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr325

Questo sito utilizza cookie tecnici e assimilati. Possono essere presenti anche cookie profilazione di terze parti. Se vuoi saperne di più o negare il consenso a tutti o ad alcuni cookie leggi l'informativa completa. Proseguendo nella navigazione (anche con il semplice scrolling) acconsenti all'uso dei cookie. This site uses technical and anonymized analytics cookies only. There may also be profiling third-party cookies. Please read the cookie information page to learn more about how we use cookies or blocking them. more information

The cookie settings on this website are set to "allow cookies" to give you the best browsing experience possible. If you continue to use this website without changing your cookie settings or you click "Accept" below then you are consenting to this.

Close