Un’applicazione OMERO.web per supportare un visualizzatore di immagini basato su OpenSeadragon

OME Seadragon

Un’applicazione OMERO.web per supportare un visualizzatore di immagini basato su OpenSeadragon.

Referente

Contesto

La comprensione della struttura degli organi e dei tessuti, a livello cellulare, è un requisito fondamentale per la formazione medica e la visione di vetrini istologici e citologici al microscopio fanno parte della formazione in corsi di medicina e di biologia, in tutto il mondo. Per vari motivi, soprattutto economici, le attività al microscopio sono diventate negli ultimi tempi meno praticate, e stanno incontrando difficoltà in molte università. L'uso di immagini scannerizzate distribuite e commentate via Internet (es.Microscopi Virtuali) potrebbe superare le difficoltà e rendere gli esami di istologia e di citologia meno ostici. Un'impostazione appropriata offrirebbe la funzionalità di un microscopio attraverso un'applicazione interattiva, vantaggi certi sarebbero il costo economico ridotto (rispetto all'acquisizione di più microscopi), la flessibilità legata al fatto che i clinici potrebbero praticare la Microscopia Virtuale in tempi e luoghi di preferenza e persino la sensazione che questo approccio potrebbe apparire "più user friendly", rispetto alla tecnicità della gestione di un microscopio, della regolazione della vista e dell'ingrandimento, della messa a fuoco, ecc.

Descrizione

OME Seadragon è un'applicazione OMERO.web per la visualizzazione di immagini ad altissima risoluzione - come quelle prodotte dagli scanner per patologie digitali - con supporto per regioni di interesse (ROI) vettoriali legate alla specificità delle immagini. Si basa sul visualizzatore OpenSeadragon e sul framework paper.js.

Caratteristiche innovative

  • l’applicazione Web fa da middleware fra OMERO.server ed il visualizzatore;
  • converte le immagini nel formato DZI (Deep Zoom Image) (specificazione XML definita e mantenuta da Microsoft);
  • il processo di conversione avviene tramite diversi motori che possono essere configurati dall’utente;
  • attualmente è supportato il rendering basato sulla libreria openslide (Goode at al., 2013) e sulle librerie di OMERO (che non supportano nativamente il formato DZI) e questo rende OME Seadragon un wrapper DZI per OMERO.

Potenziali utenti

Ricercatori, Sviluppatori

Settori d'impatto

Salute - ICT - Patologia digitale

Ulteriori risorse

  1. https://github.com/crs4/ome_seadragon
  2. https://github.com/crs4/ome_seadragon_cache
  3. https://github.com/crs4/ome_seadragon_gateway
  4. L. Lianas, M. E. Piras, E. Musu, S. Podda, F. Frexia, E. Ovcin, G. Bussolati, G. Zanetti, CyTest - A new platform for training and testing in cytopathology. The Diagnostic pathology Journal, Volume 2, page 208 - august 2016.
  5. L. Lianas, M. E. Piras, E. Musu, S. Podda, F. Frexia, E. Ovcin, G. Bussolati, G. Zanetti, CyTest – An Innovative Open-source Platform for Training and Testing in Cythopathology. Procedia - Social and Behavioral Sciences, Volume 228, page 674–681 - july 2016.

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