Il progetto è svolto in collaborazione con lo Spoke 6 (CNR IGM – Istituto di Genetica Molecolare “Cavalli-Sforza” Pavia) del Centro Nazionale per la terapia genica e i farmaci basati sulla tecnologia a RNA e integra le attività di sperimentazione clinica individuate dallo Spoke 6 con le expertise di laboratorio e di bioinformatica presenti al CRS4. L’approccio sperimentale è incentrato sulla tecnologia Next Generation Sequencing e sull’analisi dati.
Il progetto è articolato in 3 Work Package: – WP1 le attività saranno rivolte allo sviluppo di protocolli di laboratorio e di pipeline bioinformatiche per poter rispondere a tutte le esigenze di caratterizzazione genetico-molecolare del trascrittoma e del genoma; – WP2 prevede la validazione del workflow comprensivo di tutti i protocolli e le pipeline sviluppati mediante l’esecuzione di esperimenti di replica su campioni con risultati noti; – WP3 consisterà nell’applicazione del workflow sui campioni che verranno inviati alla piattaforma NGS del CRS4 con un flusso di 6 pazienti al mese.
Per un’analisi completa del profilo di espressione saranno sviluppati protocolli basati sulla tecnologia NGS che comprendano le variazioni strutturali (tecnologia short read) e le modificazioni chimiche post-trascrizionali (tecnologia native RNA/DNA long read) di RNA codificanti e non codificanti.
Il sequenziamento del genoma fornirà informazioni utili a delucidare le origini, genetiche ed epigenetiche, di trasformazione neoplastica delle cellule. I dati prodotti verranno caricati su una piattaforma di analisi e condivisione denominata EvaDB.
